提速近10倍!基于深度学习 的全基因组选择新方法来了******
近日 ,中国农业科学院作物科学研究所 、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测 的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用 ,将助力深度学习在全基因组选择中的应用 ,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术 ,通过构建预测模型 ,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择 ,从而缩短育种世代间隔 ,加快育种进程 ,节约成本 ,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型 ,难以捕捉基因型和表型间 的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机 ,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力 。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物 的4种不同维度 的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比 ,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构 ,可以有效降低模型错误率,提高运行速度 ;预测精度稳健 ,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当 ,在大规模数据集上预测优势更加明显 ;计算时间与传统方法相近 ,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好 。
该研究得到了国家重点研发计划 、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
北方雨雪稀少气温回升 南方阴雨持续升温乏力******
中国天气网讯 未来三天(2月4日至6日) ,我国延续北晴南雨的天气格局 ,中东部气温以回升为主 ,西北地区东部 、华北中南部、黄淮地区最高气温将升至10℃以上 ,但南方多地受频繁阴雨影响,气温回升乏力。
南方正经历今年以来最长连阴雨过程 局地雨量较常年同期偏多1倍以上
昨天 ,南方降雨发展增多,福建西北部 、江西中部、湖南中部、云南南部等地部分地区出现中到大雨,局地暴雨。
未来三天 ,北方大部雨雪稀少 ,南方仍维持多阴雨 的天气格局 ,广东、广西、湖南 、江西等部分地区雨势较强 。中央气象台预计 ,今天,内蒙古东北部、黑龙江中西部 、新疆北部和沿天山地区、西藏北部和东南部 、川西高原等地 的部分地区有小到中雪或雨夹雪 ;江南南部、华南中北部等地 的部分地区有中到大雨 ,局地有暴雨。
明天 ,黑龙江东北部 、吉林东部 、新疆北部和南疆盆地西部山区、西藏东南部、青海南部、川西高原等地的部分地区有小雪或雨夹雪 ;黄淮南部、江淮大部、江汉大部 、西南地区东部 、江南 、华南 、台湾岛等地 的部分地区有小到中雨 ,其中,江西中南部 、福建东南部和西北部、广西东部、广东西北部等地的部分地区有大雨。
后天 ,内蒙古中部 、吉林东部、新疆北部和南疆盆地西部山区 、西藏南部和东部 、青海南部、川西高原等地 的部分地区有小到中雪或雨夹雪;西藏东南部、西南地区东部、江淮 、江汉大部 、江南、华南大部 、台湾岛等地 的部分地区有小到中雨,其中,湖南南部、广西东北部等地 的部分地区有大雨。
目前,南方地区正在经历今年以来时间最长的一轮连阴雨天气过程,未来十天 ,江汉、江淮、江南、华南及贵州、西藏东南部等大部地区累计降水量较常年同期偏多4~7成 ,局地甚至偏多1倍以上;贵州 、广西、湖南 、江西中部 、浙江西南部、福建北部等地雨水几乎“天天见” ,当地公众需关注连阴雨天气对交通出行、生产生活 的不利影响。
回暖!华北黄淮等地最高气温将超10℃ 南方多地昼夜温差缩小
受冷空气南下影响 ,昨天 ,南方大部气温继续下降,江南不少地方最高气温降至个位数 ,湿冷感明显 ,而长江以北地区已经开启升温步伐 。
今天开始 ,中东部气温以回升为主,预计本周末至下周初 ,最高气温10℃线将北抬至河北中部至北京一带 ,西北地区东部、华北中南部 、黄淮地区最高气温将超过10℃ 。不过6日后还将有冷空气活动,届时北方各地气温会再有波动 。
在南方 ,各地气温今起虽陆续回升,但在雨水 的“打压”下 ,气温回升乏力 ,昼夜温差明显缩小 ,像 是长沙 ,今天最高气温5℃ 、最低气温3℃,全天气温低迷 ,湿冷持续 ,当地居民需注意保暖 。(中国天气网)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编 :天天中] 阅读剩余全文() |